Bien que le macaque japonais soit nourrie par les gardes des parcs nationaux en hiver, les diverses populations de macaques japonais sont menacées principalement par la perte de leur habitat et la famine.
L’abattage des arbres ne leur permet plus de trouver leur nourriture en suffisance dans leur milieu naturel.
De même que les ours, ils commencent à investir les campagnes et les villes pour trouver de quoi survivre.
Certains ont même été retrouvés en train de se réchauffer dans des spas…
Les efforts de maintien des primates dans leur environnement à proximité des sources chaudes, par le nourrissage, ont provoqué une augmentation artificielle des populations dans ces secteurs, qui commence à poser problème.
La sous-espèce de l’île de Yakushima est considérée comme étant très en danger.